Ponekad prilikom programiranja obrade možete naići na situaciju da se grupa segmenata programa pojavljuje više puta u jednom programu ili se koristi u nekoliko programa. Možemo izdvojiti ovu grupu segmenata programa, imenovati ih i pohraniti ih odvojeno; ova grupa segmenata programa naziva se potprogram. Potprogram je segment programa obrade koji se može pozvati odgovarajućim upravljačkim uputama alatnih mašina, a općenito ima nezavisno značenje tokom obrade. Program za obradu koji sadrži instrukcije za pozivanje potprograma prvog-nivoa naziva se glavni program. Instrukcija za pozivanje potprograma je također programski segment, koji se općenito sastoji od instrukcije poziva potprograma, imena potprograma i broja poziva. Posebna pravila i formati variraju u zavisnosti od sistema. Na primjer, za istu instrukciju "pozovite potprogram broj 55 jednom", FANUC sistem koristi "M98 P55.", dok američki AB sistem koristi "P55x".
Potprogrami mogu biti ugniježđeni, to jest, jedan nivo unutar drugog. Odnos između gornjeg i donjeg nivoa je isti kao odnos između glavnog programa i potprograma prvog-nivoa. Maksimalan broj ugniježđenih nivoa određen je specifičnim CNC sistemom. Oblik i sastav potprograma su uglavnom isti kao i kod glavnog programa: prvi red je broj potprograma (ime), a posljednji red je instrukcija "kraj potprograma", sa tijelom potprograma između. Međutim, instrukcija za kraj glavnog programa prekida glavni program i resetuje CNC sistem; njegove upute su standardizirane, pri čemu svaki sistem koristi M02 ili M30. Instrukcija za kraj potprograma, s druge strane, prekida potprogram i vraća se na glavni program ili prethodni potprogram. Njegove instrukcije variraju u zavisnosti od sistema; na primjer, FANUC sistemi koriste M99, Siemens sistemi koriste M17, a AB (Američki A/B) sistemi koriste M02.
